Fließgewässer
Saale
Das mit Abstand bedeutendste hallesche Fließgewässer ist die Saale. Der Fluss prägt nicht nur entscheidend das Stadtbild, sondern hat auch maßgeblich die Entwicklung der Saalestadt beeinflusst. Die Saale hat bereits einen mehr als 300 Kilometer langen Lauf von ihrer Quelle im Fichtelgebirge hinter sich, wenn sie im Süden bei Planena die Stadtgrenze erreicht. Der Fluss ist hier in eine zirka zwei Kilometer breite Flussaue gebettet, die sich im weiteren Verlauf auf nur noch einen Kilometer verengt. Zwischen den Porphyrkuppen des Ochsenberges, Donnersberges und den Klausbergen muss sich die Saale schließlich durch ein nur noch 200 Meter breites Tal zwängen, bevor sie ein Stück weiter im Nordwesten von Halle bei Brachwitz nach rund 25 Kilometern Länge die Saalstadt verlässt. Bis zur Mündung in die Elbe bei Barby sind es dann noch knapp 83 Kilometer.
Weiße Elster
Nahe dem Stadtteil Beesen mündet die Weiße Elster nach einem 257 Kilometer langen Lauf von der Quelle im Elstergebirge in Tschechien von Osten kommend in die Saale. Die sich im Mündungsbereich befindliche Saale-Elster-Aue ist ein wichtiges Trinkwasserschutzgebiet und hatte besonders im 20. Jahrhundert große Bedeutung für die städtische Wasserversorgung.
Reide
Im östlichen Bereich der Saalestadt prägt die Reide das Landschaftsbild. Ursprünglich wurde die 14,7 Kilometer lange Reide im 12. Jahrhundert von flämischen Einwanderern als Entwässerungsgraben eines größeren Sumpfgebietes angelegt. Im Laufe der Jahrhunderte entwickelte sich daraus ein naturnahes Gewässer, das südlich von Osendorf in die Weiße Elster mündet. Die Reide wurde bis Mitte der neunziger Jahre des 20. Jahrhunderts stark durch kommunale Abwässer, Grundwasserabsenkung und intensive Landwirtschaft beeinträchtigt. Durch eingeleitete Sanierungs- und Renaturierungsmaßnahmen in der Reideniederung hat sich der Gewässerzustand inzwischen spürbar verbessert.